De "Academy Island Incident", waarin vier "koningen" paden kruisen ... Sindsdien zoeken Silver Clansmen Kuroh Yatogami, en Neko naar hun meester, Shiro. Zonder het vinden van eventuele aanwijzingen over de verblijfplaats van Shiro, worden de twee ontmoedigd. Echter, op een dag, ontmoeten ze de HOMRA leden Rikio Kamamoto en Anna Kushina die worden achtervolgd door iemand.