De slinkse leider van Team Rocket Organization, Giovanni, heeft een vurige ambitie om de controle over de Pokémon-wereld over te nemen, zowel met financiële als militaire middelen. Om aan zijn militaire behoeften te voldoen, verlangt hij naar een Pokémon die sterker en bedrevener is dan welke andere dan ook, een echt levend oorlogswapen, dus schakelt hij een wetenschapper genaamd Dokter Fuji in om dit wezen te creëren uit het DNA van de voorouder van alle Pokémon en de krachtigste van alle Pokémon. , Mew, die Fuji tijdens een eerdere jungle-expeditie had gevonden. Fuji accepteert het, want hij is zwaar bezig met het vooruitzicht van klonen om het leven zelf te creëren en te herstellen, vanwege zijn liefde voor zijn overleden dochter Amber.