Pandora decorre no ano de 2199, centrando-se em Jax (Priscilla Quintana), aka Pandora, uma jovem cheia de recursos que perdeu tudo com a morte dos pais, mas que encontrou uma nova vida na Academia de Treino Espacial da Terra, onde ela e os seus amigos aprendem a defender a Galáxia de ameaças, tanto humanas como alienígenas. Quando segredos sobre a natureza da sua identidade começam a ser revelados, Jax tem que descobrir a verdade e perceber se é a salvação da humanidade ou o instrumento da sua destruição.